建设工程合同有纠纷能约定仲裁。当事人之间发生的合同纠纷可以仲裁，但采用仲裁方式解决纠纷，应当双方自愿，达成仲裁协议。合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。
【法律依据】
《中华人民共和国仲裁法》第二条
平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。
第四条
当事人采用仲裁方式解决纠纷，应当双方自愿，达成仲裁协议。没有仲裁协议，一方申请仲裁的，仲裁委员会不予受理。
第十九条
仲裁协议存在，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。仲裁庭有权确认合同的效力。
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